# Filtering genomic variants
for variant in vcf.fetch('chr1', 1000, 2000):
if variant.QUAL > 30:
process_sample(variant.samples[0])
# Plotting allele frequencies
ggplot(aes(x=pos, y=freq)) +
geom_line(color="#0ea5e9") +
theme_minimal()
# Filtering genomic variants
for variant in vcf.fetch('chr1', 1000, 2000):
if variant.QUAL > 30:
process_sample(variant.samples[0])
# Plotting allele frequencies
ggplot(aes(x=pos, y=freq)) +
geom_line(color="#0ea5e9") +
theme_minimal()
# Filtering genomic variants
for variant in vcf.fetch('chr1', 1000, 2000):
if variant.QUAL > 30:
process_sample(variant.samples[0])
# Plotting allele frequencies
ggplot(aes(x=pos, y=freq)) +
geom_line(color="#0ea5e9") +
theme_minimal()
# Filtering genomic variants
for variant in vcf.fetch('chr1', 1000, 2000):
if variant.QUAL > 30:
process_sample(variant.samples[0])
# Plotting allele frequencies
ggplot(aes(x=pos, y=freq)) +
geom_line(color="#0ea5e9") +
theme_minimal()
# Filtering genomic variants
for variant in vcf.fetch('chr1', 1000, 2000):
if variant.QUAL > 30:
process_sample(variant.samples[0])
# Plotting allele frequencies
ggplot(aes(x=pos, y=freq)) +
geom_line(color="#0ea5e9") +
theme_minimal()
# Filtering genomic variants
for variant in vcf.fetch('chr1', 1000, 2000):
if variant.QUAL > 30:
process_sample(variant.samples[0])
# Plotting allele frequencies
ggplot(aes(x=pos, y=freq)) +
geom_line(color="#0ea5e9") +
theme_minimal()
@TATAbox: ~/workspace$ _
Ferramentas, modelos e scripts para a amnésia do futuro...
if works → intencional; else → feature em construção.
> ~/projetos --list
Aplicações, bibliotecas e ferramentas para genética, bioinformática e ecologia.
Bioinformática 5
CladeX
Simulador interativo de filogenia com exercícios sobre clados, ancestralidade comum, homologia e sinapomorfias.
FASTA Regex
Aplicação no navegador para localizar e editar cabeçalhos FASTA com expressões regulares ou operações simples de texto.
kviewer
Pacote R para visualizar resultados do STRUCTURE e calcular estimadores de K, incluindo delta K de Evanno.
ggrelated
Scripts em R para processar resultados de parentesco do Colony e gerar visualizações com o pacote related e ggplot2.
ggDAPC
Script R que converte resultados de DAPC do adegenet em gráficos personalizáveis com ggplot2.
Ecologia e dados 4
LSMA
Pacote R para extrair e analisar métricas da paisagem em múltiplas escalas, com estratégias aninhadas ou desacopladas.
ggmodel
Pacote R em beta com a função ggsurface para criar superfícies 2D a partir de modelos lm, glm e loess.
ggbeast
Pacote R para visualizar arquivos de log do BEAST2, incluindo Extended Bayesian Skyline Plots com ggplot2.
R4eco
Funções em R para similaridade de Renkonen, bootstrap, dendrogramas UPGMA e predições de modelos mistos.
Materiais de referência e projetos de ensino 7
Diversidade de Vertebrados
Gráfico sunburst interativo para explorar a diversidade de espécies por grupos e táxons de vertebrados.
R101
Série de exercícios para praticar fundamentos da linguagem R.
ENM101
Série de exercícios introdutórios sobre modelagem de nicho ecológico.
NucleoDrop
Minijogo de arrastar e combinar nucleotídeos para praticar o pareamento de bases do DNA.
Árvores UENP
Aplicação para explorar e identificar árvores do campus da UENP, com acesso pelo navegador e leitura de QR code.
Pale Blue Dot
Simulador interativo que compara distâncias e tamanhos do Sistema Solar em escala reduzida.
Aves Urbanas
Guia de espécies de aves registradas em Cornélio Procópio, com fotos e informações para reconhecimento.
Outros projetos 5
NeuroFlow
Aplicação de foco com paisagens sonoras sintetizadas no navegador e temporizador Pomodoro.
PhotonPDF
Conversor de arquivos compatíveis para PDF, com processamento local no navegador.
WordCloud App
Aplicação web para gerar nuvens de palavras a partir de texto ou listas de palavras e frequências.
VidCut
Aplicação web local, com servidor Node.js e FFmpeg, para cortar trechos de arquivos de vídeo.
CriptyKey
Gerador local de senhas determinísticas a partir de uma frase mestre e do nome do serviço.
Atualizações recentes
Novos materiais, ferramentas e notas de trabalho.
Diversidade de Vertebrados
~86 mil espécies em sunburst interativo com 3 níveis taxonômicos, silhuetas PhyloPic e escala log/linear.
Tree-Thinking com CladeX
Guia prático para não confundir mais grupos parafiléticos e entender onde os caracteres surgem na árvore.
Astro101: Introdução à Astronomia e Observação
Um guia inicial para os fundamentos da astronomia, tipos de telescópios e as primeiras observações noturnas.
> ~/pesquisa --publicações
Publicações em genética, biologia evolutiva, ecologia e análise de dados.
Mitochondrial multilocus data suggests fine-scale influences of Pleistocene events on the spatial distribution of lineages of a fish species among neighboring sub-basins in the southern upper Paraná River
DNA Barcoding Reveals a Critical Spawning Ground in the Paranapanema River Basin, Southern Brazil
Association of IL10 gene SNVs rs1800896 (A>G), rs1800871 (C>T), rs1800872 (C>A) and haplotypes with COVID-19 severity and outcome in the Brazilian population
Coastal-inland divergence and postglacial expansion in the populations of the orchid bee <i>Euglossa annectans</i>
Disentangled and Interpretable Multimodal Attention Fusion for Cancer Survival Prediction
Forest cover outweighs restoration strategy in explaining Euglossini beta diversity in the Atlantic Forest, Brazil
> ~/materiais --index
Notas, tutoriais e ferramentas de consulta em genética, bioinformática e ecologia.
Modelagem de Nicho Ecológico (ENM101)
Trilha prática para aprender a modelar distribuição de espécies no R, do zero à projeção.
Introdução ao R para Biólogos (R101)
Uma jornada para transformar café em gráficos elegantes (e erros de sintaxe) começando do zero.
Sistemática Filogenética e Tree-Thinking
Uma jornada para entender a genealogia da vida, desde a interpretação de ramos até a simulação de processos evolutivos.
Diversidade de Vertebrados
Sunburst interativo com ~86 mil espécies em 3 níveis taxonômicos. Útil para discutir desigualdade de biodiversidade, escalas log vs linear e a lógica da classificação filogenética.
> whoami --identity
Sou Biólogo com doutorado em Genética e Biologia Molecular. Meu trabalho transita entre a biologia evolutiva e a ciência da computação, com foco em ecologia molecular e análise de dados genômicos.
Atualmente, como Professor Associado na UENP, dedico meu tempo à pesquisa e ao desenvolvimento de ferramentas de código aberto para a comunidade científica.
Contato Direto
wilsonfrantine@gmail.com> ssh --connections
Reporte bugs, sugira melhorias (seja gentil) ou envie um ping. Latência inversamente proporcional ao nível de cafeína.