# Filtering genomic variants
for variant in vcf.fetch('chr1', 1000, 2000):
if variant.QUAL > 30:
process_sample(variant.samples[0])
# Plotting allele frequencies
ggplot(aes(x=pos, y=freq)) +
geom_line(color="#0ea5e9") +
theme_minimal()
# Filtering genomic variants
for variant in vcf.fetch('chr1', 1000, 2000):
if variant.QUAL > 30:
process_sample(variant.samples[0])
# Plotting allele frequencies
ggplot(aes(x=pos, y=freq)) +
geom_line(color="#0ea5e9") +
theme_minimal()
# Filtering genomic variants
for variant in vcf.fetch('chr1', 1000, 2000):
if variant.QUAL > 30:
process_sample(variant.samples[0])
# Plotting allele frequencies
ggplot(aes(x=pos, y=freq)) +
geom_line(color="#0ea5e9") +
theme_minimal()
# Filtering genomic variants
for variant in vcf.fetch('chr1', 1000, 2000):
if variant.QUAL > 30:
process_sample(variant.samples[0])
# Plotting allele frequencies
ggplot(aes(x=pos, y=freq)) +
geom_line(color="#0ea5e9") +
theme_minimal()
# Filtering genomic variants
for variant in vcf.fetch('chr1', 1000, 2000):
if variant.QUAL > 30:
process_sample(variant.samples[0])
# Plotting allele frequencies
ggplot(aes(x=pos, y=freq)) +
geom_line(color="#0ea5e9") +
theme_minimal()
# Filtering genomic variants
for variant in vcf.fetch('chr1', 1000, 2000):
if variant.QUAL > 30:
process_sample(variant.samples[0])
# Plotting allele frequencies
ggplot(aes(x=pos, y=freq)) +
geom_line(color="#0ea5e9") +
theme_minimal()
@TATAbox:~/workspace$ _
Genética de populações, modelagem de nicho e scripts para a amnésia do futuro... if works → intencional; else → feature em construção produzida às 3h am. (Otimize ou julgue silenciosamente).
Astro101: Introdução à Astronomia e Observação
Um guia inicial para os fundamentos da astronomia, tipos de telescópios e as primeiras observações noturnas.
Filtrar Sequências DNA em Arquivo FASTA com Grep
Um one-liner simples para contar ou encontrar padrões de DNA em arquivos de sequenciamento.
Extrair Regiões Específicas de Arquivos BAM
Como usar o samtools para extrair sequências de um intervalo genômico específico de forma ultra-rápida.
> ~/projetos --list
Repositórios que sobreviveram ao rm -rf. Alguns são úteis, outros... (veja você mesmo).
Trilhas de Aprendizado 3
ENM101
Trilha de aprendizado sobre Modelagem de Nicho Ecológico. Para quando você quer saber onde a espécie está (ou onde ela acha que está).
R101
Introdução ao R. Onde a jornada para transformar café em gráficos elegantes (e erros de sintaxe) começa.
Astro101
Astronomia e imagens. Porque às vezes olhar para o DNA não é suficiente e precisamos de uma perspectiva maior.
Bioinfo Hub 4
kviewer
Visualização de k-mers. Porque ler arquivos de sequenciamento bruto sem ajuda visual é pedir para ter dor de cabeça.
ggrelated
Estimativa de parentesco sem sofrimento. Quem é parente de quem? Descubra antes que a árvore genealógica vire um círculo.
ggDAPC
DAPC visual. Agrupar populações nunca foi tão estético. Se os grupos não separarem, a culpa não é do gráfico.
Data Ecology 3
lsma
Análise de métricas de paisagem. Porque entender a forma do habitat é melhor do que apenas adivinhar.
ggmodel
Visualização de modelos estatísticos. Transforme outputs chatos do R base em superfícies ggplot2 que as pessoas realmente entendem.
R4eco
Scripts para ecologia quantitativa. O canivete suíço para quando você precisa processar dados ecológicos sem reinventar a roda.
Outros 3
> ~/papers
Tentando convencer os revisores de que meus dados fazem sentido. (Linkado via ORCID para minha própria sanidade mental).
DNA Barcoding Reveals a Critical Spawning Ground in the Paranapanema River Basin, Southern Brazil
Association of IL10 gene SNVs rs1800896 (A>G), rs1800871 (C>T), rs1800872 (C>A) and haplotypes with COVID-19 severity and outcome in the Brazilian population
Coastal-inland divergence and postglacial expansion in the populations of the orchid bee <i>Euglossa annectans</i>
Disentangled and Interpretable Multimodal Attention Fusion for Cancer Survival Prediction
Forest cover outweighs restoration strategy in explaining Euglossini beta diversity in the Atlantic Forest, Brazil
Gene polymorphisms associated with immunosuppression and their implications in the onset of cervical cancer
> ~/teaching --help
Materiais de aula e guias rápidos. Porque ensinar é a única forma de eu não esquecer como as coisas funcionam.
Bioinformática Simplificada
Um guia prático em PDF cobrindo o básico da linha de comando, análise de dados genômicos e visualização avançada em R. Projetado para biólogos iniciando sua jornada computacional.
Baixar Guia (PDF)Série Genética 101
Série de vídeos curtos e impactantes sobre genética de populações, evolução molecular e técnicas de análise de dados do mundo real para estudantes de graduação e pós-graduação.
Assistir no YouTube> whoami --identity
Sou Biólogo com doutorado em Genética e Biologia Molecular. Meu trabalho transita entre a biologia evolutiva e a ciência da computação, com foco em ecologia molecular e análise de dados genômicos.
Atualmente, como Professor Associado na UENP, dedico meu tempo à pesquisa e ao desenvolvimento de ferramentas de código aberto para a comunidade científica.
Contato Direto
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