Extrair Regiões com Samtools 🧬

Se você tem um arquivo de alinhamento gigante (.bam) e só precisa analisar um gene ou cromossomo específico, não precisa carregar tudo. Use o indexamento a seu favor.

Pré-requisito

Seu arquivo BAM deve estar indexado (ter um arquivo .bai correspondente):

samtools index alinhamento.bam

Extraindo um Cromossomo Inteiro

Para extrair apenas o Cromossomo 1:

samtools view -b alinhamento.bam chr1 > chr1_somente.bam

Extraindo uma Região Específica (Intervalo)

Para extrair apenas a região entre as bases 100.000 e 200.000 do Cromossomo 2:

samtools view -b alinhamento.bam chr2:100000-200000 > regiao_estudo.bam

Insight: O parâmetro -b (binary) garante que a saída continue sendo um arquivo BAM compactado, economizando muito espaço em disco.